主要來自於動物宿主，故爲人畜共患的自然疫源性疾病。蚊蟲、鳥類、蝙蝠、家畜均可感染。蚊蟲可攜帶病毒過冬，並經卵傳代，爲重要儲存宿主。由於豬的感染率極高（仔豬在流行季中感染率可接近100%)，病毒載量大，病毒血症持續時間長，豬的飼養面廣，故爲主要傳染源。
乙型腦炎病毒在豬間傳染常早於人間傳染1～2個月，故監測豬的感染率有助於預測人羣的流行趨勢。人感染乙型腦炎病毒後病毒載量少，病毒血症持續時間短，故感染者不是主要傳染源。
主要通過蚊蟲叮咬傳播；庫蚊、伊蚊、按蚊中均有一些種可以傳播本病，但以三帶喙庫蚊爲主要傳播媒介。蚊蟲叮咬宿主後，乙型腦炎病毒進入蚊蟲體內繁殖，隨後移行入唾液腺，大量分泌到唾液中，叮咬易感宿主時可導致傳播。
